臨床特徵為驟起高熱伴有咽喉痛，頭痛，厭食，並常有頸，腹和四肢疼痛。在嬰兒常發生嘔吐和驚厥，起病2日內口腔粘膜出現少數(很少多於12個)小的(直徑1~2mm)灰白色皰疹，周圍繞以紅暈，多見於扁桃體前部，但也可位於軟顎，扁桃體，懸雍垂，舌部等，在以後的24小時內水泡破潰變為淺潰瘍，直徑一般在5mm以下，1~5日內癒合。併發症少見：症狀一般7日內消失。在感染後能產生持久的免疫，但A組中其他型病毒或其他腸道病毒也可能引起再次發病。
1、呼吸道屏障功能不足，例如小的孩子沒有鼻毛，阻擋不住空氣中的粗糙異物。
2、呼吸道粘膜柔嫩，容易受到各種刺激(寒冷，刺激性氣體等)而發生充血，腫脹甚至炎症反應。
3、呼吸道分泌出抵抗細菌，病毒的免疫物質不足，不能充分殺滅入侵的病原體。
4、呼吸道表面有一種帶無數纖毛的細胞，這些纖毛好像一把大掃除的刷子一樣，不斷將吸入並粘附在呼吸道上的小顆粒如粉塵，病菌等向外清掃，排到喉頭咳出，但小兒呼吸道上的這種纖毛活動比較微弱，因此“自潔”功能也就相對地差。
人在生活中是要不斷地呼吸以維持生命的，這樣每天隨吸氣進入呼吸道的細菌，病毒，有害氣體，粉塵等，不可勝數，加上上述小兒呼吸道種種防禦功能的不足，所以很容易發生各種急性呼吸道感染。
皰疹性咽頰炎是一種特殊類型的上呼吸道感染，由於其初期症狀與一般感冒區別不大，因此很容易被人誤解為普通感冒而延誤治療。也有患者沒有其它症狀。造成小兒皰疹性咽頰炎的原因有很多，主要是由於天氣比較炎熱、室內空氣流通不暢，使室內空氣細菌和病毒急劇繁殖，進入小兒呼吸道而引起疾病發生。這些病毒主要是柯薩奇病毒、皰疹病毒和埃可病毒，以及並發細菌感染等。
皰疹性咽頰炎西醫治療
減輕不適的方法是：注意口腔衛生，保持口腔清潔。多喝水，吃清淡食物，最好吃幾天稍稀的白粥，有助於吞嚥。可用淡鹽水漱口，用10%硝酸銀塗於潰瘍或用咽喉靈丹，冰硼散等吹播咽部以減輕咽痛症狀。口服維生素C及B等。抗生素對病毒性咽炎無效。但如有發熱，應給予抗菌藥物治療，以便控制繼發性細菌感染。
建議參考用藥：利巴韋林尼美舒希刻勞清開靈咽扁顆粒屬於抗生素、解熱鎮痛、清咽利喉類藥品。
皰疹性咽頰炎中醫治療
當前疾病暫無相關療法。