約1/2～2/3 的患者發生於抗菌藥物治療後4 天內。按病情分輕、中、重型。
1、輕型：每天稀便3～4 次，黃綠色黏液便，大便可有膿細胞，隱血試驗陽性，可伴發熱和腹痛。腸鏡檢查見腸黏膜正常或輕度水腫，有典型米粒狀隆起，擦之即脫落，露出潰瘍。停用抗菌藥物數天症狀即緩解。
2、中型(典型)：腹瀉每天10 餘次，大便呈蛋花樣，有假膜和血便，伴發熱和腹痛。外周血中性粒細胞增加，血清α1-球蛋白升高，血清鉀、鈉和白蛋白降低。
3、重型：腹瀉每天20 餘次，大便量多，奇臭，常有血便，假膜呈大片或管狀。發熱和毒血症表現較重，短期內出現低蛋白血症。常因脫水、電解質紊亂、休克、DIC、腸出血或腸穿孔而陷入危重狀態，預後較差。
梭狀芽孢桿菌存在於正常人的消化道，患者接受抗菌藥物治療後該菌異常增殖，故屬內源性感染，但該菌亦存在於醫院環境中，醫務人員手上亦可攜帶本菌，因此亦可通過糞-口途徑，以接觸傳播方式而發病，造成外源性感染或交叉感染。艱難梭菌腸炎多系醫院內感染，幾乎所有抗菌藥物均可誘發本病。人群中發病率極低。發病者絕大多數為老年人。
服用抗菌藥物後出現典型臨床表現者即應考慮本病，特別是對老年人更應提高警惕。有假膜排出的典型病例停用抗菌藥物或加服萬古黴素治療後病情好轉者，有助於本病的診斷。對輕型病例，明確臨床診斷的最好方法是結腸鏡檢查，應仔細觀察各部位黏膜，因為隆起的黃色小斑塊易碎，並可被充血、黏液、糞渣所掩蓋。病原體培養及毒素檢測對診斷有較重要的參考價值。
腸道厭氧菌感染西醫治療
初步診斷後應立即停用抗菌藥物，如病情需要則應該用很少誘發本病的抗菌藥物。輕症病例停用抗菌藥物後可自愈。病情較重，大便中有假膜者則宜用萬古黴素，500～2000mg/d，分4 次口服。甲硝唑適用於缺乏萬古黴素或萬古黴素治療後的復發病例，用法：600～1200mg/d，分2～3 次口服，療程均為7～10 天。
腸道厭氧菌感染中醫治療
當前疾病暫無相關療法。