傷寒桿菌由口進入消化道，侵犯小腸粘膜的淋巴組織，在淋巴結內繁殖增多，再進入血液引起發燒、睏倦、頭痛、全身不適及噁心、嘔吐、腹瀉等症狀，此時稱菌血症期，如做血培養，可見傷寒桿菌生長。細菌隨血流帶到各個臟器，但主要病變在腸道。發病第1周，小腸壁的淋巴結皆腫脹，第二、第三周，在腫脹的基礎上，局部壞死、結痂，結痂脫落即形成潰瘍，潰瘍達到一定深度、大小，可以引起出血和穿孔。
傷寒桿菌從口進入消化道，通常可被胃酸殺滅，但如入侵菌量較多，或者胃酸分泌，腸道正常菌群關係等防禦屏障功能受到破壞，傷寒桿菌就能進入小腸，入侵腸黏膜。
傷寒桿菌在小腸內增殖，穿過腸黏膜上皮細胞到達腸壁固有層，部分病原菌被巨噬細胞吞噬，並在其胞質內繁殖，部分經淋巴管進入迴腸集合淋巴結，孤立淋巴濾泡及腸系膜淋巴結中生長繁殖，然後經胸導管進入血流，引起短暫的菌血症，即原發性菌血症期，在攝入病菌後1～3天，進入血流的病原菌迅速被肝，脾，骨髓與淋巴結中的單核-巨噬細胞系統吞噬，原發性菌血症期持續時間短，患者尚無症狀，處於臨床上的潛伏期。
傷寒桿菌被單核-巨噬細胞吞噬後，仍在細胞內繁殖，然後再次進入血液循環，引起第二次嚴重的菌血症，持續數天至數周，患者陸續出現相應的臨床表現，傷寒桿菌向全身播散，侵入肝，膽，脾，腎，骨髓等器官組織，釋放內毒素，臨床上出現發熱，全身不適，明顯的毒血症狀，肝脾腫大，皮膚玫瑰疹等表現，此時相當於病程第1～2周，血液及骨髓培養常可獲陽性結果，傷寒桿菌在膽道中大量繁殖，隨膽汁排到腸道，部分隨糞便排出體外，向外界散播病原菌，部分經腸黏膜再次入侵腸壁淋巴組織，使原先已經致敏的腸壁淋巴組織產生嚴重炎症反應，單核細胞浸潤，淋巴組織腫脹，壞死，脫落而形成潰瘍，如病變累及血管，則可引致腸出血，若侵及肌層與漿膜層，則可引起腸穿孔，均屬臨床嚴重併發症，這一病變過程，一般相當於病程的第2～3周。
感染傷寒桿菌後是否發病，與感染的細菌量，菌株的毒力，機體的免疫狀態等有密切關係，一般感染活菌量越大，發病的機會越大;具有Vi抗原的菌株毒力較大，同樣的感染量，發病率較高，機體的免疫防禦功能低下的情況，較容易感染發病。
診斷
根據臨床表現、檢查可進行診斷。
鑒別診斷
1、病毒感染：上呼吸道病毒感染亦可有持續發熱，頭痛，白細胞數減少，與早期傷寒相似，但此類患者起病較急，多伴有上呼吸道症狀，常無緩脈，無脾腫大或玫瑰疹，血液等細菌培養及血清肥達氏反應均為陰性，一般病程較短，不用抗菌素也可自愈。
2、瘧疾：各型瘧疾尤其惡性瘧疾易與傷寒相混淆，但瘧疾每天體溫波動較大，發熱前伴畏寒或寒戰，熱退時多汗，脾較大質稍硬，貧血較明顯，外周血及骨髓塗片可發現瘧原蟲，用有效抗瘧藥治療迅速退熱，抗生素治療無效。
3、鉤端螺旋體病：本病的流感傷寒型在夏秋季流行期間極常見，起病急，伴畏寒發熱，發熱呈持續型或弛張型，與傷寒相似，患者有疫水接觸史，眼結膜充血，全身酸痛，尤以腓腸肌疼痛與壓痛為著，腹股溝淋巴結腫大等，外周血白細胞數增高，血沉加快，尿量減少，血清免疫學試驗呈陽性。
4、急性病毒性肝炎：急性黃疸型肝炎的黃疸前期有發熱，全身不適，消化道症狀，白細胞減少或正常，不易與傷寒相區別，但此病患者每於病程第5～7天出現黃疸，體溫亦隨之回復正常，肝大壓痛，肝功能明顯異常，可通過病毒性肝炎血清學標誌檢查而確診，此外，傷寒並發中毒性肝炎亦每易與病毒性肝炎相混淆，但前者肝功能損害相對較輕，有黃疸者在黃疸出現後仍發熱不退，並有傷寒的其他特徵性表現。
5、敗血症：部分革蘭陰性桿菌敗血症須與傷寒相鑒別，此症可有膽系，尿路，腸道等原發感染灶，發熱常伴有寒戰，多汗，有出血傾向，不少患者早期可發生休克且持續時間較長，白細胞雖可正常或稍低，但常伴核左移，確診須依靠細菌培養。
6、粟粒型肺結核：發熱較不規則，常伴有盜汗，脈較快，呼吸急促，發紺等，有結核病史或有與結核病患者密切接觸史，X線攝片可見肺部有粟粒狀陰影。
7、布魯菌病：有與病畜接觸或飲用未經消毒的牛，羊乳或乳製品史，長期不規則發熱，發作時呈波浪熱型，有關節，肌肉疼痛及多汗，血清布魯菌凝集試驗陽性，血及骨髓培養可分離到布魯菌。
8、地方性斑疹傷寒：起病較急，高熱常伴寒戰，脈快，結膜充血和皮疹，皮疹出現較早(第3～5天)，數量較多，分佈較廣，色暗紅，壓之不退，退疹後有色素沉著，病程約2周，白細胞數大多正常，血清變形桿菌凝集反應(外-斐反應)陽性，血液接種豚鼠腹腔可分離出莫氏立克次體。
9、結核性腦膜炎：部分傷寒患者因嚴重毒血症可兼有劇烈頭痛，譫妄，昏睡，頸抵抗等虛性腦膜炎表現，容易與結核性腦膜炎相混淆，但結核性腦膜炎患者多伴有其他臟器結核，雖有持續發熱但無玫瑰疹與脾腫大，頭痛與頸抵抗更顯著，可伴有眼球震顫，腦神經癱瘓等，未經抗結核特效治療病程逐漸加重，腦脊液檢查符合結核性腦膜炎改變，腦脊液塗片，培養，動物接種可發現結核桿菌。
10、惡性組織細胞增生症：本病的病理特點是單核-巨噬細胞系統中組織細胞呈異常增生和浸潤，臨床表現複雜多變，有時主要表現為發熱，肝，脾腫大和白細胞減少，加之傷寒的骨髓片中有時可出現組織細胞增多和吞噬現象，故易相混淆，但本病病情進展較快，有明顯的貧血，出血症狀，血片和(或)骨髓片有特異性惡性組織細胞和(或)多核巨組織細胞，增生的組織細胞形態不一，並可吞噬紅，白細胞及血小板，外周血象出現顯著的全血細胞減少，抗菌藥物治療無效。
腸傷寒西醫治療
一、一般治療與對症治療
有嚴重毒血症者，可在足量有效抗菌治療配合下使用激素。常用氫化可的松25～50mg或地塞米松1～2mg，每日1次靜脈緩慢滴注，或口服強的松5mg，每日3～4次，療程不超過3天。
若傷寒合併血吸蟲病，尤其是急性血吸蟲病時，一般宜先用腎上腺皮質激素配合傷寒的病原治療，待體溫被控制，全身情況明顯改善後，才給予口服吡奎酮治療血吸蟲病。對兼有毒血症和顯著鼓腸或腹瀉的患者，激素的使用宜慎重，以免發生腸出血及腸穿孔。
二、傷寒患者抗菌藥物的選擇
1.氟奎諾酮類藥物為首選，氟奎諾酮類藥物具有下列共同特點：
１抗菌譜廣，尤其對革蘭陰性桿菌活性高。
２細菌對其產生突變耐藥的發生率低。
３體內分佈廣，組織體液中藥物濃度高，可達有效抑菌或殺菌水平。
４大多品種系口服制劑，使用方便。
５因其影響骨骼發育，孕婦、兒童、哺乳期婦女慎用。目前常用的有氧氟沙星，劑量：300mg每日兩次，口服或200mg每8～12小時一次，靜滴，療程14天。環丙沙星，劑量：500mg每日兩次或每8小時一次，口服或靜滴，療程：14天。
2.頭孢菌素類：第二，三代頭孢菌素在體外對傷寒桿菌有強大抗菌活性，毒副反應低，尤其適用於孕婦，兒童，哺乳期婦女以及氯黴素耐藥菌所致傷寒。可用頭孢三秦，劑量：成人 1g，每12小時一次，兒童每天100mg/kg，療程：14天。頭孢塞肟，劑量：成人1～2g，每8～12小時一次，兒童每天100～150mg /kg，療程：14天。
3.氯黴素：劑量為每天25mg/kg，分2～4次口服或靜脈滴注，體溫正常後，劑量減半。療程：兩周。
注意事項：
１新生兒，孕婦，肝功能明顯損害者忌用，
２注意毒副作用，經常複查血象，白細胞低於2500/mm3時停藥。
4.氨苄(或阿莫)西林劑量：成人2～6g/d，兒童每天100～150mg/kg，分3～4次口服或靜脈滴注。阿莫西林成人2～4g/天，分3～4次口服，療程：14天。
注意事項：
１本藥效果不太理想，故療程宜長，以減少復發及排菌。
２一旦出現藥疹，應及時停藥。
5.復方新諾明 劑量：成人，2片每日兩次，兒童每天SMZ40～50mg/kg，TMP10mg/kg，一日二次，療程：14天。
三、帶菌者的治療
1.氨苄西林
(或阿莫西林) 劑量：成人氨苄西林4～6g/天或阿莫西林6g/天加丙磺舒2g/天，分3～4次口服，療程：6周。
2.氧氟沙星或環丙沙星 劑量：氧氟沙星300mg一日二次，環丙沙星500～750mg，一日二次口服，療程：6周。
四、併發症的治療
1.腸穿孔
除局限者外，腸穿孔伴發腹膜炎的患者應及早手術治療，同時加用足量有效的抗生素，如氯黴素或氨苄青黴素與慶大或卡那黴素聯合應用，以控制腹膜炎。
2.腸出血
１絕對臥床休息，嚴密觀察血壓，脈搏，神志變化及便血情況。
２暫停飲食，或進少量流質。
３靜脈滴注葡萄糖生理鹽水，注意電解質平衡，並加用維生素K，安絡血，抗血纖溶芳酸，止血粉等止血藥。
４根據出血情況，酌量輸血。
５如病人煩躁不安，可注射鎮靜劑，如安定，苯巴比妥鈉，禁用瀉劑及灌腸。
６經積極治療仍出血不止者，應考慮手術治療。
3.中毒性心肌炎：嚴格臥床休息，加用腎上腺皮質激素，維生素B1，ATP，靜注高滲葡萄糖液。如出現心力衰竭，應積極處理，可使用洋地黃和速尿並維持至臨床症狀好轉，但病人對洋地黃耐受性差，故用藥時宜謹慎。
4.中毒性肝炎 除護肝治療外，可加用腎上腺皮質激素。
5.膽囊炎：按一般內科治療。
6.溶血性尿毒綜合征
１控制傷寒桿菌的原發感染，可用氨苄青黴素或羥氨苄青黴素。
２輸血，補液。
３使用皮質激素如促腎上腺皮質激素，地塞米松，強的松龍等。尤對兒童患者可迅速緩解病情。
４抗凝療法，可用小劑量肝素每日50～100u/kg靜注或靜滴，控制此征有顯著療效，也可用低分子右旋糖酐靜滴。
５必要時行腹膜或血液透析，以及時清除氮質血症，促進腎功能恢復。
7.DIC給予抗凝治療，酌情輸血，並應用氨苄青黴素控制原發感染。
預後
傷寒的預後與病人的情況，年齡，有無併發症，治療早晚，治療方法，過去曾否接受預防注射以及病原菌的毒力等有關。
有效抗菌藥物應用前病死率約為20%，自應用氯黴素以來病死率明顯降低，約在1%～5%。老年人，嬰幼兒預後較差，明顯貧血，營養不良者預後也較差。並發腸穿孔，腸出血，心肌炎，嚴重毒血症等病死率較高。國內一組傷寒，副傷寒死亡38例中，腸穿孔占39.5%，毒血症39.5%，心肌炎9.9%，中毒性休克5.3%，腸出血2.6%，肺炎2.6%，心力衰竭2.6%。曾接受預防接種者病情較輕，預後較好。
腸傷寒中醫治療
詳細療法參考具體疾病。