臨床症狀主要包括上腹痛、腹脹、早飽、噯氣、厭食、燒心反酸、噁心和嘔吐，症狀可反覆發作，也可在相當一段時間內無症狀。或發病時以某一症狀為主，也可有多個症狀的疊加。引起或加重病情的誘因說不清。功能性消化不良分為4型：運動障礙型;反流型;潰瘍型;非特異型。
1、運動障礙型消化不良
此型以腹脹、早飽、噯氣為主。症狀多在進食後加重。過飽時會出現腹痛、噁心甚至嘔吐。胃動力學檢查50%～60%患兒存在胃近端和遠端收縮和舒張障礙。
2、反流型消化不良
突出的表現是胸骨後痛，燒心，反流。內鏡檢查未發現食管炎。但24h小時酸鹼度監測可發現部分患兒有胃食管酸反流。對於無酸反流者出現此類症狀，認為與食管對酸敏感性增加有關。
3、潰瘍型消化不良
其表現與十二指腸潰瘍特點相同，夜間痛，飢餓痛，進食或服抗酸藥能緩解，可伴有反酸，少數患兒伴燒心，症狀呈慢性週期性。內鏡檢查未發現潰瘍和糜爛性炎症。
4、非特異型消化不良
臨床表現不能歸入上述類型者，常合併腸易激綜合征。
除了反流型消化不良，其他幾種分類並無重要的臨床意義，許多患兒並不止歸入一個亞型，對患兒治療的指導意義不大。
目前認為是多種因素綜合作用的結果。包括飲食和環境、胃酸分泌、消化道運動功能異常、心理因素以及一些其他胃腸功能紊亂性疾病等。
診斷
1、臨床表現：慢性上腹痛、腹脹、早飽、噯氣、反酸、燒心、噁心、嘔吐餵養困難等上消化道症狀，持續時間至少4周。
2、輔助檢查：內鏡檢查未發現胃、十二指腸潰瘍、糜爛、腫瘤等器質性病變，未發現食管炎。B超及X線檢查，排除肝、膽、胰腺疾病。
3、實驗室檢查肝功能、膽紅素、血糖等。
4、無糖尿病，結締組織病，腎臟疾病及精神病。
5、無腹部手術史。
鑒別
1、胃食管反流
胃食管反流與功能性消化不良中的反流亞型不易鑒別，胃食管反流臨床表現較重，進食後嘔吐、嘔血和便血、嚥下疼痛。內鏡證實有不同程度的食管炎症改變，24小時食管pH監測有酸反應。
2、上消化道潰瘍
消化道潰瘍包括：胃、十二指腸潰瘍，幽門管潰瘍，幽門前區潰瘍，糜爛性胃竇炎等。進行內窺鏡檢查可見黏膜廣泛充血、水腫、糜爛及出血。
3、胃輕癱
臨床症狀與功能性消化不良相似，胃輕癱繼發全身性的、消化道疾病或手術後誘發胃排空功能的障礙。造成胃輕癱較常見的原因有糖尿病、尿毒症、結締組織病。通過放射性核素胃排空功能測定確定診斷。
新生兒消化不良西醫治療
1、一般治療
小兒功能性消化不良3～8歲發病率高，有一定的人為因素和社會因素。醫生應瞭解患兒的生活情況，包括患兒與家長、學校及生活環境。掌握正確教育方法，養成良好的飲食習慣。建立良好的醫患關係，讓患兒知曉病情，瞭解危害，樹立治療的信心。此外，還應瞭解患兒近期用藥的情況。
2、藥物治療
對於功能性消化不良，藥物治療的效果不太令人滿意，目前為止沒有任何一種特效的藥物可以使症狀完全緩解。下面介紹常用對症治療的藥物
(1)抗酸藥和抗胃酸分泌藥１抗酸藥常用的有復方氫氧化鋁片(胃舒平)，胃得樂(樂得胃)，鋁碳酸鎂(胃達喜)，復方鋁酸鉍。飯後1小時服用。片劑嚼碎或研碎後服用。２抗胃酸分泌藥常用西米替丁，飯前10～30分鐘服用;雷尼替丁每12小時一次或每晚一次口服;歐美拉唑清晨頓服，療程2～4周。
(2)促胃動力藥物１甲氧氯普胺(胃復安)每日三次口服。因常出現錐體外系症狀，故臨床應用逐漸減少。２多潘立酮(嗎叮林)兒童常用的一種促胃動力藥。每日3～4次口服，飯前半小時及睡前服用。1歲以下兒童由於血腦屏障功能發育尚未完全，故不宜服用。３西沙必利兒童餐前15～30分鐘。４紅黴素雖為抗生素也是胃動素激動藥，可增加胃近端和遠端收縮活力，促進胃推進性蠕動，加速胃排空。
(3)胃黏膜保護劑１膠體次枸櫞酸鉍每日三次口服，療程4～6周。２硫糖鋁每日四次口服，療程4～8周。３雙八面體蒙脫石(思密達)每日三次口服。此藥可引起便秘。
新生兒消化不良中醫治療
當前疾病暫無相關療法。