本病通常在應用抗菌藥物後5-10d出現，也可在用藥後第1日或遲至停藥後6周始發病。常見症狀有腹瀉、腹痛、腹脹、噁心與嘔吐等。所有患者均有腹瀉，大多為水樣、糊狀便，血便和偽膜僅見於5%一10%。可有中度發熱和高熱；劇烈腹痛者可伴肌衛和反跳痛；周圍血白細胞也見升高。由於粘膜炎症和外毒素刺激，腸道吸收受損，液體滲入腸腔所致。休克可早期出現，但在後期更多見。可有少尿，甚至腎功能不全表現。常有不同程度的發熱、心動過速、全身軟弱等毒血症；部分患者有激動、譫妄、定向力障礙、意識模糊與嗜睡等。可有明顯失水、代謝性酸中毒、低氯血症和低鉀血症等水、電解質代謝紊亂表現,重症者常伴水和電解質紊亂，偶可並發腸穿孔、中毒性休克和巨結腸等。臨床上常將本症的早期或輕症者稱抗生素相關性腹瀉，病程後期或重症者如伴排偽膜便稱偽膜性結腸炎。
難辨桿菌是專性厭氧菌，革蘭陽性，可形成芽胞，無動力。細菌可產生4種代謝物:A毒素(腸毒素)、B毒素(細胞毒素)、蠕動改變因子和不穩定因子，與發病密切相關者為A、B兩毒素。本病常發生於大手術或廣譜抗生素治療後，亦見於慢性消耗性疾病如慢性肺部疾病、慢性肝炎、肝硬化、再生障礙性貧血、白血病、惡性腫瘤、糖尿病、尿毒症、蛇咬傷、心臟病，特別是心力衰竭與心肌梗死，以及腸梗阻、敗血症等基礎上。目前已確認本病由革蘭陽性厭氧菌難辨梭狀芽胞桿菌在腸道大量繁殖而引起，其外毒素可使腸粘膜壞死，並形成偽膜。實驗表明難辨梭狀芽胞桿菌毒索可使倉鼠發生偽膜性腸炎;這種毒素在組織培養中有明顯的細胞毒作用，並與污泥梭狀芽胞桿菌毒素呈交叉反應，可被後者的抗毒素中和。廣譜抗生素特別是林可黴素(潔黴素)、克林黴素(氯潔黴素〕、慶大黴素等的應用，因可抑制腸道正常菌群生長，故為難辨梭狀芽胞桿菌的滋生繁殖創造了有利條件。萬古黴素和不吸收的磺胺類藥物則可有效地抑制梭狀芽胞菌的生長。根據研究推測，難辨梭狀芽胞桿菌的外毒素在腸粘膜產生局部性的Schwartzman反應，造成小血管內凝血、血栓形成和血管壁壞死而導致腸粘膜、粘膜下層等組織的變性和缺血性壞死，形成偽膜。此外，外毒素可刺激粘膜上皮細胞的cAMP系統，使水、鈉分泌大量增加，加重腹瀉。
本病的臨床表現缺乏特徵性，故診斷較為困難，不少病例在屍檢時才獲確診。為提高早期診斷率，對接受廣譜抗生素治療或大手術的患者，如出現腹痛、腹瀉、發熱或病情惡化而無明顯原因可解釋時，應警惕本病的可能性，並及時進行直腸、乙狀結腸鏡檢查與腸粘膜活組織檢查。首光檢查未獲確診而病情仍無好轉者，重複內鏡檢查常可幫助確診。組織學檢驗:本病常累及下段結腸，故直腸、乙狀結腸鏡檢查是重要的診斷手段之一，鏡下所見腸粘膜的主要證像是水腫、充血、糜爛、潰瘍，或呈顆粒狀，可有隆起的斑片或融合成片的灰綠或灰褐色的偽膜覆蓋。病變粘膜活組織檢查常顯示急性或慢性炎症，如發現初期絨毛頂部病變或緊貼粘膜面的偽膜則有助於診斷和區別其他的結腸炎症。
難辨芽胞桿菌腸炎西醫治療
1、控制休克：補充從胃腸道丟失的液體和電解質，亦可通過口服葡萄糖鹽水來補充氯化鈉的丟失。同時糾正酸中毒。輸注血漿、白蛋白或全血以補充血容量，必要時應用能改善腎臟灌注的升壓藥，如多巴胺等。腎上腺皮質激素可減輕毒血症。
2、扶植正常腸道菌群：立即停止原用抗生素，嚴重病例可口服乳酶生、維生素C、復合維生素B、谷氨酸等，或用健康成人糞便濾液150—200ml保留灌腸，以引入正常菌群。
3、病因治療：在糞便培養確定致病菌及其藥敏試驗前，應選用對難辨梭狀芽胞桿菌敏感的抗菌藥物，如萬古黴素和不吸收的磺胺類藥物如磺胺胍(SG)或酞磺胺塞唑(PST)口服。甲硝唑(滅滴靈)亦有較好療效。此外，還可酌情應用紅黴素、氯黴素等，具體用法為：萬古黴素，0.125一0.5g,每日4次口服，療程為5一7d;桿菌肽25000U，每日3次口服，療程同上;甲硝唑(滅滴靈)1.2一1.6b,分3一4次服用，重症者可靜滴，1一2g/d,療程5一7d。20%一24%患者在停用萬古黴素後1一25d內復發，約 11%患者病情反覆可達2次以上，加大藥物劑量並不能降低復發率，復治應用萬古黴素仍有效。
4、其他：考來烯胺(消膽胺)可與毒素結合以減少毒素的吸收，並促進未段迴腸對膽鹽的吸收，以改善腹瀉。止瀉劑可誘發急性結腸擴張，應慎用之。對手術後有嚴重營養不良者，可給予靜脈高營養治療。外科手術僅適用於出現併發症如腸穿孔、腸梗阻和中毒性巨結腸等患者。
難辨芽胞桿菌腸炎中醫治療
當前疾病暫無相關療法。