輕症大便次數稍多，為黃綠色糊狀便；重症大便次數頻繁，每日可達數十次，大便呈暗綠色水樣便，外觀像海水，所以叫海水樣便。粘液多，有腥臭味，有時 可排出片狀偽膜，將偽膜放入生理水，脫落的腸粘膜即漂在水面上，對診斷幫助很大。體液損失多，患者脫水、電解質紊亂和酸中毒嚴重，可發生休克。
因長期使用抗生素引起腸道菌群失調所致。
大便培養金黃色葡萄球菌生長，即可明確診斷。
金黃色葡萄球菌性腸炎西醫治療
由於MRSA(耐甲氧西林金黃色葡萄球菌) 的存在，一般不使用青黴素。所以有金黃色葡萄球菌感染者，可選用：紅黴素、新型青黴素、慶大黴素、萬古黴素或先鋒黴素Ⅵ治療。
金黃色葡萄球菌性腸炎中醫治療
當前疾病暫無相關療法。